El Parque Nacional Cayos de San Felipe, creado en 2002, dispone de una extensión de 26 250 hectáreas, de 2 041 terrestres de área y 26 250 marinas, y se ubica al sur de Pinar del Río.
Para acceder exclusivamente por vía marítima desde los puertos La Coloma, distante a 18 millas, y de Cayo Sijú, donde radica la administración y la Estación Biológica del área protegida. Tambièn desde el puerto de Batabanó, en Mayabeque; de Nueva Gerona, Isla de la Juventud; y desde los sitios turísticos, Centro Internacional de Buceo Hotel Colony y Centro Internacional de Buceo María La Gorda.
El grupo de islas y cayos se denomina San Felipe, en honor al rey Felipe II de España; mientras el nombre del más occidental Juan García, es el recordatorio de un piloto de la Nuestra Señora de las Bergoñas, que naufragó en el área.
Se considera que la geomorfología de este grupo de islotes y cayos conforma una incipiente llanura costera cársica-pantanosa, independiente del resto de la isla por fallas locales no definidas, que la separan al norte noroeste de la depresión, que ocupa la ensenada de La Coloma y al noreste de la depresión de Batabanó y la zona septentrional de la Isla de la Juventud.
Los valores naturales de alrededor del 60 por ciento de su superficie terrestre, está cubierta por mangle, con representación de las cuatro de especies reportadas para Cuba,el mangle rojo (Rhizophora mangle), prieto (Avicennia germinans), patabán (Laguncularia racemosa) y yana (Conocarpus erecta).
Se documenta además la presencia de más de 66 especies de plantas, ubicadas en 35 familias. El Área Protegida presenta subespecies endémicas de la fauna, especialmente reptiles y aves, como el chipojo de Cayo Real (Anolis luteogularis sanfelipensis) y el correcosta o culebrina (Ameiva auberi sanfelipensis); entrelas aves el juan chiví (Vireo gundlachii sanfelipensis) y carpintero jabao (Melanerpes superciliaris sanfelipensis). En los diferentes cayos se pueden observar poblaciones de iguanas (Cyclura nubila) en buen estado de conservación.
La zona marina incluye manglares, seibadales y arrecifes, tres ecosistemas de alto valor ecológico y económico. Posee varias especies de corales y esponjas, una ictiofauna con alrededor de 200 especies y excepcionales fondos con más de 20 sitios aprobados para la práctica del buceo, así como playas con arenas blancas y aguas de gran transparencia. Estas últimas propician que cada año aniden en el área más de 200 individuos, pertenecientes a las especies de quelonios: tortuga verde (Chelonia mydas), caguama (Caretta caretta) y carey (Eretmochelys imbricata). Constituyen también áreas importantes para la nidificación de la gaviotica (Sternula antillarum).
En la cercanía de los cayos se pueden avistar mamíferos marinos como el manatí (Trichechus manatus) y la tonina (Tursiops truncatus). En los fondos marinos se practica principalmente la pesca del crustáceo langosta espinosa (Panulirus argus).
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